机关单位内部控制制度的实施中可能面临以下挑战：
1. 人员素质不足：机关单位内部控制制度的实施需要专业的财务和管理人员，但是由于人员素质不足，导致制度的实施不到位。
2. 资金限制：机关单位内部控制制度的实施需要一定的资金支持，但是由于资金限制，导致制度的实施受到限制。
3. 情况复杂：机关单位内部控制制度的实施需要考虑到各种情况，但是由于情况复杂，导致制度的实施难度加大。
4. 人员流动性：机关单位内部控制制度的实施需要稳定的人员队伍，但是由于人员流动性大，导致制度的实施受到影响。
5. 缺乏监督：机关单位内部控制制度的实施需要监督和检查，但是由于缺乏监督，导致制度的实施效果不佳。