如果单位银行结算账户被撤销，但仍有未清算的资金，一般需要按照以下步骤进行处理：
1. 首先，需要核对账户余额，确保账户中的资金准确无误。
2. 然后，需要将未清算的资金转移至新的结算账户或其他指定账户中，以确保这些资金能够得到妥善处理。
3. 如果存在未清算的支票或汇票等票据，需要及时与银行联系，进行清算或更换。
4. 最后，需要向相关单位或个人通知账户变更信息，以确保资金流转的顺畅。

需要注意的是，以上处理方法仅供参考，具体操作应根据实际情况进行调整。同时，为了避免类似情况的发生，单位应加强账户管理，定期核对账户余额，确保资金的安全性和流动性。