处理与客户存在商业利益关系的独立性问题是审计过程中非常重要的一环，以下是一些处理这种情况的方法：
1. 建立有效的独立性政策：审计公司应该建立明确的独立性政策，规定员工与客户之间不得存在商业利益关系，以确保审计工作的独立性和客观性。
2. 严格控制利益冲突：审计公司应该对员工进行培训，教育他们如何辨别和处理潜在的利益冲突情况，避免与客户存在利益关系。
3. 实施独立性审查程序：在接受新客户或继续为现有客户提供服务之前，审计公司应该进行独立性审查，确保不存在任何可能影响审计独立性的情况。
4. 建立独立性委员会：审计公司可以设立独立性委员会，负责监督和审查员工与客户之间的商业利益关系，确保独立性得到维护。
5. 公开透明：审计公司应该向公众和监管机构公开其独立性政策和实施情况，以增加透明度和信任度。

总的来说，处理与客户存在商业利益关系的独立性问题需要审计公司建立严格的制度和程序，确保审计工作的独立性和客观性不受影响。