企业在申报已纳消费税的扣除时，需要按照以下步骤进行：
1. 确认纳税期间：企业需要确认所申报的消费税的纳税期间，通常是按月申报。
2. 计算应扣除的消费税：企业需要计算出在该纳税期间内已经纳税的消费税总额。
3. 填写申报表格：企业需要填写相应的申报表格，如消费税申报表等，将已扣除的消费税金额填写在相应的栏位中。
4. 提交申报材料：企业需要将填好的申报表格及相关材料提交给税务机关。
5. 审核扣除：税务机关会对企业所申报的已扣除消费税进行审核，审核通过后，企业就可以享受相应的税收优惠。

需要注意的是，企业在申报已纳消费税的扣除时，需要遵守相关税法规定，如填报准确无误、材料齐全等。如有不清楚的地方，建议咨询税务机关或专业会计师。