小规模纳税人计算增值税应纳税额的公式为：

增值税应纳税额 = 销售额 × 征收率 - 抵扣税额

其中，销售额是指小规模纳税人在一定期间内的销售收入总额，征收率是指增值税税率，小规模纳税人的增值税税率为3%。抵扣税额是指小规模纳税人在一定期间内购买应税货物和接受应税劳务支付的增值税，减去销售应税货物和应税劳务所支付的增值税后的余额。

需要注意的是，小规模纳税人的增值税纳税方式与一般纳税人不同，一般纳税人可以通过进项税额抵扣销项税额，而小规模纳税人的抵扣税额是有上限的，不能超过销售额的50%。如果抵扣税额超过了50%，那么超出部分无法抵扣，需要缴纳增值税。