扣除已纳消费税的注意事项如下：
1. 确认消费税的纳税期间：企业应该确定消费税的纳税期间，以便正确计算已纳消费税的金额。
2. 核实消费税的计算基数：企业应该核实消费税的计算基数是否正确，以便正确计算已纳消费税的金额。
3. 确认消费税的税率：企业应该确认消费税的税率是否正确，以便正确计算已纳消费税的金额。
4. 保留相关凭证：企业应该保留相关凭证，包括纳税申报表、发票等，以便税务机关核实已纳消费税的金额。
5. 按照法律规定申报扣除：企业应该按照法律规定申报扣除已纳消费税的金额，以免发生税务风险。

需要注意的是，企业在扣除已纳消费税时，应该遵守国家有关税收法律法规的规定，确保申报的准确性和合法性。