无形资产转让有两种方式：一是转让使用权，二是转让所有权。

在转让过程中，除了按转让合同金额双方计缴印花税，转让方还要按转让金额计算缴纳营业税、城建税。只转让无形资产的使用权，按转让额借记“银行存款”等科目；按转让额计算的应缴营业税贷记“应交税费 (应交营业税)”科目，其差额贷记“营业外收入”科目。转让所有权时，则按被转让无形资产的转让额借记“银行存款”科目，按已提减值准备借记“无形资产减值准备”科目，按其摊余价值贷记“无形资产”科目，对支付的相关费用和应缴营业税贷记“应交税费(应交营业税)”科目等，对转让净损益贷记“营业外收入”科目或借记“营业外支出”科目。如果是以无形资产交换其他非货币性资产，印花税要按购销两份合同金额计缴。

无形资产转让方除了按转让金额计缴营业税，作为换回的货物，其入账金额中可能含有消费税，并视增值税纳税人身份及是存货还是固定资产，在价外或价内反映增值税额。对无形资产转让收入，在扣除无形资产转让过程中发生的相关税费及被转让无形资产所有权时的无形资产账面净值后，要计算缴纳企业所得税。企业在转让之前，应充分考虑不同转让方式的企业税负，以求整体税负最轻、转让净收益最大。